Gemeinsame Partnerschaft zur Bereitstellung von Software zur Probenverfolgung in der Cloud

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Einführung

Wir haben dem Institut eine maßgeschneiderte Softwarelösung geliefert, die es den Teammitgliedern ermöglicht, jede einzelne eingegangene Probe durchgängig zu verfolgen.

Über das Wellcome Sanger Institute

Das Wellcome Sanger Institute ist weltweit führend in der Genomforschung und liefert Erkenntnisse über die Biologie von Menschen und Krankheitserregern, die Wissenschaft und Medizin verändern. Es befindet sich auf dem Wellcome Genome Campus in Cambridgeshire im Herzen eines weltweiten Zentrums für grundlegende und angewandte Genomforschung.

Die Herausforderung

Im Rahmen seines Tree of Life-Programms leitet das Wellcome Sanger Institute die Initiative zur Entschlüsselung der Genome von 72.000 lebenden Organismen, die in Großbritannien und Irland vorkommen. Zu diesem gewaltigen Unterfangen gehört die Entgegennahme von Tausenden von Proben von einer Vielzahl von Partnern im ganzen Land: Museen, botanische Gärten, Forschungseinrichtungen, Universitäten und andere.

Anstatt auf manuelle Tabellenkalkulationen und Prozesse zur Erfassung und Nachverfolgung von Proben – von denen jede etwa 50 Metadaten enthalten kann – angewiesen zu sein, benötigte das Institut ein Softwaresystem, mit dem der Weg jeder einzelnen Probe durch den Prozess effizient, schnell und effektiv verwaltet werden kann und das den Teammitgliedern in den verschiedenen Abteilungen jederzeit Zugriff auf aktuelle Informationen in Echtzeit bietet.

Unser Ansatz

Zunächst führten wir ein umfassendes Erkundungsprogramm durch, um mit den Mitgliedern des Institutsteams die Ist-Situation aufzuarbeiten und den gewünschten Endzustand vollständig zu verstehen.

In 10 Wochen war ein MVP der Lösung einsatzbereit. Seitdem haben wir im Sinne einer kontinuierlichen Verbesserung bestimmte Funktionen weiter optimiert und verbessert, z. B. die Verknüpfung von Downstream-Sequenzdaten mit jeder Probe, und die Funktionalität des Systems erweitert.

Die Lösung

Wir haben dem Institut eine maßgeschneiderte Softwarelösung geliefert, die es den Teammitgliedern ermöglicht, jede einzelne eingegangene Probe durchgängig zu verfolgen.

Gehostet in einer privaten Cloud, gibt es eine einzige Benutzeroberfläche. Das in Open-Source-Code (Python) geschriebene System ist dank der verwendeten offenen API leicht zu warten, vollständig skalierbar und kann sicher mit den Datenbanken in Europa und der übrigen Welt verbunden werden, die im Rahmen des Programms entwickelt werden.

Das Ergebnis

Die Geschwindigkeit, Effizienz und Genauigkeit des Projekts wurde erheblich gesteigert, und die Proben können zusammen mit ihren Metadaten in viel kürzerer Zeit als bisher erfasst und aufgezeichnet werden.

Da die manuellen Prozesse und die Dateneingabe weggefallen sind, gibt es jetzt viel weniger Raum für Fehler oder Ungenauigkeiten. Das Institut verfügt über ein System, das problemlos auch für andere Projekte konfiguriert werden kann und somit eine hohe Rentabilität aufweist.

“Die Zusammenarbeit mit NashTech war eine wahre Freude. Sie haben sich die Zeit genommen, mit dem Team zusammenzuarbeiten und zu verstehen, was wir brauchen, haben die Prozesse vollständig dokumentiert und eine detaillierte Lösungsarchitektur erstellt. Ohne NashTech hätten wir auf keinen Fall in der kurzen Zeitspanne so skalieren können, wie wir es jetzt tun.”

Kenneth Haug, Teamleiter Enabling Platforms – Systemeigentümer – Wellcome Sanger Institute